Mikan et Hotaru, élevées ensembles dans un petit village à la campagne, sont les meilleures amies du monde ! Mais un jour, Hotaru change soudainement d'école pour intégrer une académie à Tokyo. Mikan décide de suivre Hotaru et se retrouve devant l'Académie Alice. Celle-ci est une école élitiste, où n'est admis qu'un genre très particulier de surdoués ! C'est le début d'une comédie scolaire pleine de magie !